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[R] GEO 분석하기 (작성중, 2020.02.15)

[History] 2020.02.15 일단 두서없는 정리를 해본다…한글로 된 튜토리얼이 별로 없는 듯 하여..   1. GEO 파일을 받는다. (GSE39366 을 예로 든다) GEOquery 라이브러리가 인터넷에서 다운로드 받는 것을 지원해주나, 오프라인 분석이 용이하게 미리 다운로드 받아 폴더에 위치시킨다. my_data <- getGEO(filename=”./39366/GSE39366_family.soft.gz”)   2. GEO 파일의 플랫폼을 알아야한다. Meta(GSMList(my_data)[[1]])$platform_id #’GPL9053′   3. 그 플랫폼의 annotation 정보를 확인한다. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL9053 Read More